De Centrale Commissie werkt traditiegetrouw samen met de Europese Unie.
In het bijzonder is de administratieve overeenkomst van 3 maart 2003 tussen de CCR en de Europese Commissie een uiting van deze samenwerking . In deze overeenkomst, die haar oorsprong vindt in een in 1961 gestarte briefwisseling, zijn een systematische informatie-uitwisseling en regelmatige coördinatievergaderingen voorzien. De CCR heeft de waarnemersstatus aan de Europese Commissie toegekend, terwijl de CCR deze status in het Comité Binnenvaart van de Europese Commissie heeft gekregen.
Bij de aanneming van het Aanvullend Protocol nr.2 heeft de CCR aan alle staten van de Europese Unie dezelfde voorwaarden inzake de toegang tot de Rijn als aan haar eigen lidstaten toegekend. Hiertoe hebben de CCR en de Europese Commissie identieke regels voor het bepalen van schepen die respectievelijk tot de Rijnvaart of de communautaire scheepvaart behoren aangenomen. [Accès au marché rhénan]
Bij de implementatie van het communautaire programma van structurele sanering, heeft de CCR identieke bepalingen aangenomen om de volledige integratie van de Rijnvaart in dit programma te waarborgen (Aanvullend Protocol nr.4 en 5).
Sinds meer dan tien jaar hebben de Centrale Commissie en de Europese Commissie gezamenlijk, in nauwe samenwerking, met het bedrijfsleven, een programma van marktobservatie ontwikkeld.
Inzake technische voorschriften voor binnenschepen hebben de CCR en de UE identieke regels aangenomen en besloten tot een wederzijdse erkenning van hun vaarbewijzen. Teneinde de gelijkwaardigheid van voorschriften en veiligheidsbeleid duurzaam te garanderen hebben zij een gemeenschappelijke werkgroep (JWG) ingericht, die belast is met het uitwerken van voorstellen op het gebied van de ontwikkeling van technische voorschriften. Voor het secretariaat van deze werkgroep is een overeenkomst van cofinanciering tussen de CCR en de Europese Commissie gesloten.
De Directeur-generaal Mobiliteit en Vervoer van de Europese Commissie (DG MOVE) en de Secretaris-generaal van de Centrale Commissie voor de Rijnvaart (CCR) hebben op 22.05.13 een administratieve overeenkomst ondertekend die de samenwerking tussen de twee instellingen zal versterken . De gemeenschappelijke doelstellingen beogen een optimale marktwerking voor de binnenvaart te garanderen en de hindernissen op te heffen die een bredere inzet van deze vervoerswijze in de weg staan.
Deze administratieve overeenkomst betreft drie belangrijke samenwerkingsgebieden:
Deze nieuwe samenwerkingsvorm zal de doelmatigheid van het respectieve beleid van beide instellingen op dit gebied optimaliseren, vooral door een betere afstemming van hun prioriteiten en de aanvaarding van nieuwe gemeenschappelijke referentiestandaarden voor hun reglementaire kaders. De binnenvaartsector heeft behoefte aan een coherent en efficiënt kader om haar potentieel volledig te kunnen benutten en zal profiteren van een dergelijke samenwerking.
In het werkdocument “Towards NAIADES II” uit mei 2012 onderkennen de diensten van de Europese Commissie de noodzaak om de internationale samenwerking in de binnenvaartsector te versterken. De grotere inzet van de kennis en ervaring van de CCR op bepaalde gebieden en de rationalisering van de reglementaire kaders via de instelling van gemeenschappelijke structuren worden ingegeven door het huidige administratieve akkoord en liggen in het verlengde van de eerder genoemde oriëntatie.