La CCNR est attentive à une coopération étroite avec les autres commissions fluviales.
Les échanges sont traditionnels avec la Commission du Danube. Les deux organisations s’invitent réciproquement à leurs réunions plénières et à leurs sessions de travail. Le 22 juin 2001, a eu lieu une réunion commune des deux Commissions, au cours de laquelle a été adoptée une déclaration commune.
Un Accord de coopération a été convenu en 2008 avec la Commission de la Moselle.
En 2014, cette coopération a été renforcée par un nouvel arrangement.
Un renforcement de la coopération a été convenu en 2001 avec la Commission Internationale pour la Protection du Rhin.
Des relations régulières existent également avec la Commission de la SAVA.