Die ZKR ist auf eine enge Zusammenarbeit mit den anderen Flusskommissionen bedacht.
Der Austausch mit der Donaukommission hat Tradition. Die beiden Organisationen laden sich gegenseitig zu ihren Plenartagungen und Arbeitssitzungen ein. Am 22. Juni 2001 wurde in Rahmen einer gemeinsamen Sitzung eine gemeinsame Erklärung verabschiedet.
Mit der Moselkommission wurde 2008 ein Kooperationsabkommen geschlossen.
Diese Zusammenarbeit wurde 2014 durch ein neues Abkommen gestärkt.
Mit der Internationalen Kommission zum Schutz des Rheins wurde 2001 eine Intensivierung der Zusammenarbeit abgeschlossen.
Auch zur Savakommission bestehen regelmäßige Beziehungen.